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耐藥性肺結核病人多數使用二線藥物，現在某些一線藥物可能對耐藥性肺結核病人沒有作用，所以要用二線藥物。二線藥物包括喹諾酮類還有貝達喹啉，貝達喹啉是相對較新的藥。多數二線藥物的副作用比一線藥物大，具體有以下幾點： 1、喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星、莫西沙星等有精神興奮作用，還可以引起病人跟腱疼表現； 2、貝達喹啉有較大副作用，尤其對心臟的影響，會造成心電圖QT間期延長； 3、阿米卡星對耳蝸神經還有腎臟都有損害，會引起尿蛋白，尿潛血，尿中有紅細胞等情況，還有些病人因使用阿米卡星以后出現聽力下降。 綜上所述，所以二線藥物相對來說副作用比較大。