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非淋菌性的尿道炎主要的病原體，可以分為幾大類，第一類即不是淋球的各種各樣的細菌，第二類包括常有的就是處于細菌與病毒之間的病原體，如支原體、衣原體等，第三類可能見到的比較少，如一些病毒。非淋球菌性尿道炎最常見的病原體還是細菌感染，此細菌種類囊括泌尿生殖系一些常見的非淋球菌，各種各樣的細菌。比如最常見的為一些胃腸道來源的細菌，如大腸埃希氏菌，還有肺炎克雷伯氏菌，甚至有時還會有一些綠膿桿菌、糞腸球菌等。這些都是比較常見的非淋球菌尿道炎的一些病原體。此外，剛才提到的支原體、衣原體、沙眼衣原體，甚至解脲脲原體，還有比較少見的一些病毒感染引起，如皰疹病毒等。