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肺真菌病是真菌和人體免疫狀況互相斗爭的結果。大部分的肺真菌患者都患有免疫缺陷的基礎疾病，如腫瘤、糖尿病、免疫結締組織疾病、HIV等。 有免疫缺陷的患者抗真菌治療后預后不佳，因為患者除了要接受抗真菌治療外，還需接受基礎疾病的治療。如果患者在抗真菌治療同時，基礎疾病也得到緩解，免疫功能也得到恢復，則預后較好。如果患者在抗真菌治療同時，自身免疫狀況未得到改善，預后則不佳。