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腦CT對大腦有損害，但損害較小，因為CT有射線，放射線對全身可能都有損害，同樣對大腦也會有放射線損害。但在臨床上部分腦的疾病，比如引起頭痛、頭暈的疾病以及腦血管病，通常讓病人做腦CT，特別急的有急診的急性腦血管病，權衡這一點射線可以帶來的傷害，甚至可以忽略不計。急性腦血管病的患者要明確是否有腦出血的情況，并進行緊急地治療。所以即使知道腦CT可能有射線，但在急性期時，也會急救地使用。有部分外傷的病人，腦CT顯示更清楚，或者對于腦出血的病人，仍然建議做CT檢查，檢查帶來的射線對病人的傷害非常小。