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一般環(huán)境因素和遺傳因素是先天畸形發(fā)生過程中起到關鍵作用的兩個因素，其中遺傳因素大概只占25%，環(huán)境因素以及環(huán)境因素與遺傳因素相互作用，和不明原因的大概占75%左右。有些唇腭裂患者在其直系或旁系親屬中可以發(fā)現(xiàn)類似的腭裂畸形發(fā)生。但是遺傳學家認為唇腭裂屬于多基因遺傳性疾病，是常染色體的隱性遺傳，不是每一代都能表現(xiàn)出來畸形。 唇腭裂有非綜合征性和綜合征性，非綜合征性的遺傳概率低，綜合征性的唇腭裂就遺傳概率高，所以唇腭裂遺傳性不能一概而論。對于非綜合征性唇腭裂的家族，家庭成員中越多人患有唇腭裂，血緣關系越接近，家庭中再發(fā)生唇腭裂的風險就會越高。如果曾經(jīng)生過一個孩子是唇腭裂，下一個孩子是唇腭裂的概率是4%。如果兩個人都不是唇腭裂，家族也沒有，唇腭裂發(fā)生概率有1.82%。但是這個概率對于個體來說沒有太大意義，唇腭裂不是一種和遺傳性極為相關的疾病，只占25%，更多的因素是環(huán)境因素造成。