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腦核磁共振可進行多方位、三維成像，使病變定位更準確。還可觀察病變與鄰近血管的關系，對腦干、幕下區(qū)、枕骨大孔區(qū)的顯示優(yōu)于CT。并且對腦腫瘤、腦部炎性病變、腦白質病變、腦梗塞、血腫、腦先天性異常等診斷較CT更為敏感。磁共振無需造影劑即可顯示腦血管情況，發(fā)現(xiàn)有無動脈瘤和動脈畸形，還可直接顯示顱內神經，發(fā)現(xiàn)神經上的早期病變。用于大腦時還可發(fā)現(xiàn)微小病變，如垂體微腺瘤，腦核磁共振在定位定性方面優(yōu)于CT。