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十二指腸潰瘍首選的檢查方法是胃鏡檢查。在胃鏡下，可直接觀察十二指腸等胃腸黏膜，并進行活檢，確定病理情況。其次，可進行C13或C14呼氣試驗以確定是否有幽門螺桿菌感染。對心腦血管患者，或胃鏡不耐受的患者，可行鋇餐檢查，一般可在十二指腸球部觀察到龕影。此外，通過胃液分析檢查或胃泌素檢測，可排查是否存在胃泌素瘤。