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頭疼尤其是慢性頭疼，做核磁共振檢查能夠查出來，頭疼做核磁共振的檢查，用來找病因，所以一大部分頭痛的病因都會通過核磁共振檢查檢查出來。比如常見的有腦的腫瘤、腦卒中、腦外傷、腦的寄生蟲的感染，以及動靜脈的畸形等，這些疾病通過頭顱核磁共振的檢查，都可以明確診斷。另外還有一小部分頭痛的原因，核磁共振無法檢查出來，但是核磁共振的檢查可以作為一些疾病排除診斷的依據(jù)，比如臨床常見的顱內(nèi)感染。第一步是做了核磁共振的檢查，除外了一些特殊的疾病，顱內(nèi)感染通過腰椎穿刺來明確診斷，其他的用于排除依據(jù)的一些疾病，比方像偏頭痛、緊張性頭痛等。